Joen pinnan alla on paljon elämää, vaikka sitä ei aina rannalle huomaakaan. Aurajoen kaloja voi olla vaikea päästä näkemään rannalta käsin, koska joen vesi on sameaa. Rantakaislikoissa voi kuitenkin kuulla isojakin molskahduksia kun hauet saalistavat pienempiä kaloja. Tyynen joen pinnassa voi nähdä kalojen aiheuttamia pintakäyntejä kun ne tulevat nappaamaan hyönteisiä veden pinnalta. Hyönteisten lisäksi pienemmät kalat ruokailevat mikroskooppisella eläinplanktonilla. Kalat ovatkin hyvin monimuotoinen ryhmä, joka muodostaa ison osan vesiympäristön ravintoketjusta. Kalat ovat myös tärkeää ravintoa lukuisille Aurajoella ruokaileville linnuille ja siten niiden merkitys ekosysteemissä ulottuu myös veden pinnan yläpuolelle.
Suomessa on tavattu 105 kalalajia, joista osaa pidetään vain satunnaisina vierailijoilla merialueillamme. Aurajoen kalakanta on rikas ja jo pelkästään Halistenkosken alapuolella onkin tavattu yhteensä 38 eri kalalajia. Osa kaloista ruokailee ja lisääntyy varsin pienellä alueella, kun taas osa vaeltaa lisääntymispaikoilleen joskus pitkiäkin matkoja. Kaikki Suomessa esiintyvät vaelluskalat ovat uhanalaisia. Aurajoen vaelluskaloja ovat merilohi, taimen ja siika. Vuonna 1995 Halistenkoskelle rakennettiin kalaportaat, jotka mahdollistavat lohikalojen nousun Halistenkosken padon ohi. Kalaportaat muodostuvat 22 sorapohjaisesta altaasta, jotka jakavat putouskorkeuden pienempiin osiin. Kalaportaiden ansiosta lohikalat pääsevät nousemaan mereltä Liedon Nautelankoskelle asti. Tulevaisuudessa tavoitteena on parantaa lohikalojen nousu- ja lisääntymismahdollisuuksia entisestään edistämällä koskialueiden kunnostusta ja poistamalla nousuesteitä.
Aurajoessa on tavattu ainakin seuraavat kalalajit:
ahven, ankerias, harjus, harmaanieriä, hauki, hietatokko, hopearuutana, karppi, kiiski, kirjolohi, kivennuoliainen, kivisimppu, kivinilkka, kolmipiikki, kuha, kuore, kymmenpiikki, lahna, made, merilohi, miekkasärki, mutu, nahkiainen, pasuri, pikkunahkiainen, puronieriä, ruutana, salakka, siika, silakka, sorva, suutari, särki, säyne, taimen, toutain, turpa, törö, vimpa
Tiesitkö, että kivinilkka on kaloistamme ainoa, joka synnyttää eläviä poikasia?
Lisätietoa Suomen kalalajeista saat täältä
Lisätietoa kalastamisesta Aurajoella löydät täältä
lohi 
taimen 
hauki 
lahna 
ahven 
särki
Kuvien lähteet: lohi, taimen, hauki, lahna, ahven, särki
Kansikuva: Suvi Hakulinen, Aurajokisäätiö